Felipe comenzó su carrera en el Instituto Ramiro de Maeztu y el Club Adecco Estudiantes. Pasó por el equipo de este club de la liga EBA (1998) y al primer equipo con varias intervenciones en 1998, siendo su incorporación definitiva a la plantilla de Estudiantes en 1999. Destacó ya desde sus primeros años, pero fue al tercero (2000) cuando demostró todo su potencial (10,3 puntos y 5,4 rebotes). A partir de ahí, su juego fue mejorando año a año, llegando a 16,9 puntos y 10,4 rebotes en el año 2002. En el año 2004 fichó por el Real Madrid, debutando con el dorsal 14, y ganó la liga ACB, promediando 9 puntos y 6 rebotes en liga regular y 8,6 puntos y 7 rebotes en playoffs. Después de esa temporada cambió su dorsal por el número 9, tras la salida del jugador Antonis Fotsis. La temporada (2006/2007) es, de momento, la mejor de su carrera, confirmándose como uno de los mejores pívots de Europa. Promedió 13 puntos y 6 rebotes. Además de conseguir la Liga ACB y la Copa ULEB con el Real Madrid, y el subcampeonato de la Copa del Rey. A nivel individual, es nombrado jugador más valioso de los Play Off ACB.
FELIPE REYES, MVP DE LA LIGA REGULAR 2008-09
Felipe Reyes, jugador del Real Madrid, ha sido escogido MVP de la Liga Regular 2008-09, superando en la votación al jugador del TAU Cerámica Igor Rakocevic. El pívot, que ha sido el jugador más valorado de la competición, se convierte en el cuarto jugador madridista que logra este galardón.